La costruzione della chiesa, assieme all’intero complesso conventuale dei Frati Minori al quale essa apparteneva, prese il via attorno al 1480. La struttura della chiesa obbidisce all’impostazione tipica degli edifici religiosi di ispirazione francescana realizzati in quegli anni tra Piemonte e Lombardia.
L’interno a navata unica si configura con una netta divisione tra la parte riservata ai fedeli e quella riservata ai religiosi. Le due parti dovevano essere separate da un “tramezzo” poggiante su tre archi ogivali, destinato ad essere interamente affrescato con le storie della Vita e Passione di Cristo, in modo che le scene dipinte potessero fungere da ausilio visivo alle predicazioni dei presbiteri[2]
Gli affreschi del tramezzo - recentemente restaurati dopo il devastante incendio scoppiato il 31 dicembre 1996 - costituiscono una notevolissima testimonianza artistica ispirata dalla spiritualità francescana. Al centro della parete è posta la grande scena della Crocifissione avente dimensione sei volte più grande delle altre 15 scene che illustrano il racconto evangelico dalla Annunciazione alla Resurrezione di Cristo.
Le singole scene sono separate da lesene decorate con motivi a grottesche che riflettono il gusto rinascimentale dell’epoca.
Il linguaggio artistico dell’ignoto autore del ciclo di affreschi fa riferimento ad una cultura pittorica di area milanese che presenta evidenti reminiscenze tardo gotiche.
Per tali ragioni la datazione degli affreschi è stata collocata da alcuni critici negli anni tra il 1495 ed il 1505. Tuttavia la critica più aggiornata ritiene che, proprio sulla base della tipologia delle decorazioni a grottesche, tende a posticipare la datazione verso il 1513-15.
L’aula riservata ai fedeli contiene, lungo il lato nord, altre tre cappelle dedicate rispettivamente a San Bernardino, a San Francesco e all’Immacolata Concezione, dogma particolarmente caro all’ordine francescano.

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